Có những nguyên nhân khác nhau dẫn đến trẻ chậm phát triển. Nguyên nhân cơ bản nhất là trong thời gian người mẹ có thai thì bị nhiễm 1 loại virus nào đó dẫn đến ảnh hưởng sự phát triển của não. Một nguyên nhân nữa là người mẹ mang thai lớn tuổi thì cũng có những ảnh hưởng đến quá trình hình thành thai nhi đó, người mẹ sau 35 tuổi thì đứa con có thể mắc các bệnh như down, chậm phát triển trí tuệ. Đặc biệt là môi trường sống hiện nay do ăn uống, ô nhiễm không khí, thực phẩm màu bảo quản... làm biến đổi về gen. Còn chấn thương não, thì thời kì người mẹ mang thai có can thiệp sản khoa sẽ có nhiều ảnh hưởng đến quá trình phát triển não của trẻ.

Một số trẻ có bệnh lý sơ sinh như vàng da nhân não, do bất đồng nhóm máu mẹ con, một số bệnh lý nhiễm trùng như viêm não. não bị tổn thương và một số bệnh chuyển hóa thì cũng có thể dẫn đến chậm phát triển trí tuệ.